Seneca County er et fylke i den amerikanske delstaten New York. Seneca County ligger i den amerikanske delstaten New York. Fra 2020-folketellingen var befolkningen 33 814. Det primære fylkesetet er Waterloo, flyttet dit fra det opprinnelige fylkesetet Ovid i 1819. Det ble et to-shire fylke i 1822, som for tiden fortsatt er gjeldende og bruker begge steder som fylkeseter, selv om flertallet av Seneca Countys administrative kontorer er lokalisert i Waterloo. Derfor lister de fleste politiske kilder bare Waterloo som fylkesete. Fylkets navn kommer fra Seneca Nation of the Haudenosaunee (Iroquois), som okkuperte en del av regionen. Fylket er en del av Finger Lakes-regionen i staten.